上海地区遵照中国联合国教科文组织全国委员会“教科全（1993）1号文”精神，于1993年2月成立上海市联合国教科文组织俱乐部协会。上海市联合国教科文组织俱乐部协会与北京、天津、吉林、甘肃、河北、山东、安徽、广东、江苏、广西、山西、陕西和沈阳等省市一起参加了1994年11月15日在北京召开的中国联合国教科文组织俱乐部协会全国联合会第一届理事会。

      1995年11月，中国联合国教科文组织俱乐部协会全国联合会召开了第二届理事会，会上将“中国联合国教科文组织俱乐部协会全国联合会”名称更改为“中国联合国教科文组织协会全国联合会”，省市也更名为“中国某某省（市）联合国教科文组织协会”，下属俱乐部仍保持“（单位名称）联合国教科文组织俱乐部”。

      上海市联合国教科文组织协会首任会长为时任上海市教育局局长袁采，第二任会长为时任上海市教育委员会副主任张民生。市西中学、位育中学、一师附小、长乐路小学、市少科站和虹口区少年宫等单位为联合国教科文组织俱乐部单位。

      1996年开始，上海市联合国教科文组织协会与上海教育国际交流协会合署办公，会长和秘书长均由上海教育国际交流协会会长和秘书长兼任。